Seit dem Ende seiner aktiven Karriere ist er als Trainer tätig. Von 1995 bis 1997 trainierte er den FC Aberdeen, mit dem er 1996 den schottischen Ligapokal gewann. Von Januar bis November 2007 war er unter Alex McLeish Co-Trainer der schottischen Nationalmannschaft. Seitdem betreut McLeish Birmingham City, wo Roy Aitken weiterhin sein Co-Trainer ...